有证自建房拆房的补偿在法律上有明确依据，结合相关法规分析如下：
《中华人民共和国物权法》第四十二条规定：“为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和单位、个人的房屋及其他不动产。”这明确征收有证自建房的合法性前提是“公共利益”。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条规定：“作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：（一）被征收房屋价值的补偿；（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。”
若有证自建房拆房属于国有土地上的房屋征收，需严格按此条规定补偿，保障所有权人合法权益。
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有证自建房拆房补偿中可能存在法律风险，举例说明如下：
1. 诉讼时效风险：对补偿决定不服，需在知道或应当知道之日起60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。例如，2024年1月1日得知补偿不合理，8月才申请行政复议，已超60日时效，可能影响维权。
2. 经济损失风险：补偿不足可能导致经济损失。如100万元市场价值的有证自建房仅获60万元补偿，将面临40万元损失，影响财产权益和生活安排。
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有证自建房拆房补偿可能受特殊情形影响，具体如下：
1. 征收程序不合法：若未按法定程序发布公告、征求意见等，可要求停止拆除，并通过法律途径主张合法征收与补偿。
2. 补偿标准过低：补偿标准明显低于类似房地产市场价值时，可协商按市场价补偿；协商不成，可申请评估机构评估后主张合理补偿。
3. 历史遗留证件瑕疵：若证件因历史原因存在程序瑕疵，但房屋建设使用合法，需提供证据证明房屋合法性，避免补偿争议。
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有证自建房拆房补偿需结合具体情形确定：
- 国有土地上：补偿包括房屋价值、搬迁安置、停产停业损失补偿，政府还会制定补助奖励办法。
- 集体土地上：补偿一般含土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费，具体标准由当地政府依法制定。

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